Năm 2007, Atari, Inc. đã tham gia vào một vụ kiện chống lại Frontier Developments, nhà phát triển game và Chris Sawyer. Trong thời gian đó, Atari tuyên bố rằng Sawyer đã vi phạm hợp đồng khi anh giúp Frontier phát triển phiên bản nâng cao của trò chơi. Vụ kiện đã kết thúc với một sự dàn xếp của tòa án.[31]

Tháng 1 năm 2017, TMZ đưa tin rằng Frontier đã kiện Atari vì không trả cho công ty đủ tiền bản quyền cho trò chơi. Khi Atari nộp đơn xin phá sản vào năm 2013, Frontier đã sửa đổi hợp đồng của mình về cách trả tiền bản quyền trong tương lai. Atari đã trả cho Frontier 1,17 triệu đô la đến nay cho RollerCoaster Tycoon 3, nhưng Frontier nhận thấy từ Steam Spy doanh số của RollerCoaster Tycoon 3 lớn hơn nhiều so với Atari tuyên bố, và theo hợp đồng mới, Frontier sẽ nợ thêm 2,2 triệu đô la. Frontier tìm cách có quyền kiểm toán hồ sơ của Atari và yêu cầu tiền bản quyền bổ sung mà nó đang nợ. Giám đốc điều hành của Frontier David Walsh đã xác nhận báo cáo này trong những lần phát biểu với Eurogamer và GameSpot, nói rằng trước đó họ đã cố gắng giải quyết vấn đề mà không có hành động pháp lý kể từ tháng 4 năm 2016.[32][33] Sau đó, vào tháng 5 năm 2018, Eurogamer đưa tin rằng game này đã bị rút khỏi cả Steam và GOG do "quyền hết hạn".[31]